同館は1953年の創設以来、出資母体のない独立採算制の民間博物館として運営してきた。小さな寄生虫から全長8.8メートルにも及ぶ日本海裂頭条虫（サナダムシ）などが展示されており、”隠れデートスポット”としても人気だ。公式サイトでは

「研究活動・学術資料の保管・博物館展示などの事業を長年継続できるのは、ひとえに皆様からのご寄付や事業収益に支えられています」

と寄付金や事業収益の重要性を記している。

寄付金は、展示室1階の募金箱のほか、郵便振替・銀行振込、クレジットカード決済、SoftBankつながる募金、PayPal決済で受け付け中。同館への寄付は、特定公益増進法人への寄付として税制上の寄付金控除が適用され、税金が還付される場合がある。都内在住者はさらに、個人住民税の税額控除も併せて受けられる。

ツイッターでは「目黒寄生虫館大好きだから寄付した」「わしらの目黒寄生虫館がピンチなら寄付するしかない」といった応援の声が相次いでいる。