JR総武線は三鷹駅～幕張駅間で運転を再開したが、遅れが出ている。津田沼駅では大勢の人が改札に殺到し、長蛇の列ができた。列は駅周辺の公園や建物の辺りまで及んでおり、ネットでは「完全に夏コミの入場待機列」などの声が出ている。幕張駅～千葉駅間の運転再開は18時頃を予定している。

武蔵野線は10時台に西船橋駅、北朝霞駅で入場規制を行った。運転は再開したものの、上下線で遅れと運休が出ている。

京浜東北線、横須賀線は14時の運転再開を見込んでいる。京浜東北線では10時30分時点で大船駅、蕨駅、川口駅、秋葉原駅で入場規制を行った。JR東日本のサイトはアクセスが集中していて、タイミングによっては閲覧できないこともあるためか、ツイッターでは、「13時を過ぎても蕨駅で入場規制が続いている」「規制は解除された」など、情報が錯そうしている。

京王井の頭線は、2か所で倒木が見つかったため、運転を中止している。京王電鉄は「再開にはかなりの時間を要する」としている。他社線の運転本数も減っていることから、振り替え輸送は行っていない。